Ma’had Aly Nurul Cholil memiliki visi, misi dan tujuan Pendidikan sebagai bebagai berikut:

Visi:

Mewujudkan santri yang tafaqquh fi al din, mahir dalam mu’amalah, berakhlaq luhur, berwawasan global, dan berintegritas tinggi

Misi:

Menyelenggarakan pembelajaran dan pengkajian Fikih Wa Ushuluhu secara mendalam dari berbagai sisi, baik salaf, khalaf maupun kontemporer;

Menyelenggarajan pembelajaran dan pengkajian fikih mu’amalah dan ushulnya, dari konsep salaf dan kontemporer;

Memberikan suri tauladan sebagai identitas santri yang ramah dan rahmah;

Menyelenggarakan pembelajaran dan pengkajian ilmu-ilmu sosial;

Melakukan komunikasi yang baik dengan pihak-pihak yang berkaitan.

Dasar Tujuan Pendidikan:

Menghasilkan lulusan yang kompeten dalam fikih dan ushul fikih khususnya bidang mu’amalah, memiliki akhlaq yang luhur, berwawasan global serta bermanfaat untuk ummat.